Настаивая на казни еретиков, Иосиф доказывал, что даже те из них, которые, убоявшись смерти, покаялись, не заслуживают помилования и прощения. В "огненных казнях" и тюрьмах Иосиф видел "ревность" к православной вере. Он проповедовал, будто, руками палачей казнит еретиков сам "святой дух". Убеждая царя в необходимости физического уничтожения еретиков, Иосиф говорил, что "грешника или еретика руками убить или молитвой едино есть" и что казнить еретика - значит "руку освятить". Иосиф призывал всех " истинных христиан" "испытывать и искоренять лукавство еретическое" и грозил строгим наказанием тем, кто " не свидетельствовал", т. е. не доносил, на еретиков. Вслед за католическими инквизиторами Иосиф учил, что в борьбе с еретиками допустимы все средства - обман, хитрость, ложь, предательство. Одно лишь сомнение в законности сожжения противников церкви этот инквизитор считал "неправославным".

Иосиф обращался также к "градским" законам, вошедшим в состав Кормчей книги, которые предписывали карать смертной казнью за переход из православия в другую религию. Жестокие "градские" законы, преследовавшие свободу совести, Иосиф называл "божественным писанием", подобным так называемым пророческим и апостольским книгам. Одобрив и освятив церковным авторитетом эти инквизи торские законы, духовные власти постоянно пользовались ими в борьбе с антицерковным движением.

За заслуги перед светской властью и церковью Иосиф в 1591г. был объявлен общерусским "святым".